Induction of a chromatin boundary in vivo upon insertion of a TAD border

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Proposed mechanistic model of Btg1 expression changes.

In mammals, the genome is spatially segmented in three-dimensional domains called TADs, which are separated by more or less strict boundaries. This organization seems to be important to properly implement gene regulation through the action of long-distance enhancers. Nevertheless, genome-wide studies on this relationship are not easy to resolve, and the relevance of each TAD boundary often needs to be taken on a case-by-case basis.

Andréa Willemin and Lucille Lopez-Delisle, from the laboratories of Denis Duboule, showed that a TAD boundary, when randomly inserted in a different chromosome, retained its ability to reshape the chromatin landscape and disturb gene expression.

Ce travail, co-supervisé par Eddie Rodríguez-Carballo, a permis à Andréa Willemin d’obtenir le Prix Arditi pour le meilleur mémoire de Master en biologie en 2020.

L’article a été publié dans PLoS Genetics le 22 juillet 2021.

La séparation des chromosomes sous la loupe

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Représentation des complexes séparase-sécurine et séparase-CCC, avec représentation artistique de l’ADN en arrière-plan.

Au cours de la division cellulaire, les chromosomes sont dupliqués et séparés de manière à ce qu’une copie de chaque chromosome soit héritée par chacune des deux cellules filles émergentes. La bonne répartition des chromosomes exige une grande précision et les défauts de ce processus peuvent provoquer une distribution aberrante des chromosomes et faciliter le développement de cancer. En analysant la structure de la protéine responsable de la séparation des chromosomes, une équipe internationale, dirigée par le groupe d’Andreas Boland du département de biologie moléculaire, a mis en lumière les mécanismes contrôlant cet acteur essentiel de la division cellulaire.

L’article a été publié dans la revue Nature le 21 juillet 2021.

Lire le communiqué de presse de l’UNIGE.

L’ADN révèle l’histoire évolutive des spécimens de musée

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Les spécimens de musée conservés dans les collections d’histoire naturelle à travers le monde représentent une manne d’informations génétiques sous-utilisée en raison de l’état de conservation de l’ADN qui le rend souvent peu exploitable. Une équipe internationale, dirigée notamment par Nadir Alvarez du département GenEv et du Muséum d’histoire naturelle de la Ville de Genève, a optimisé une méthode d’analyse d’ADN ancien pour déterminer les relations entre espèces sur une échelle évolutive profonde.

L’article a été publié dans la revue Genome Biology and Evolution.

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Les souvenirs hérités d’un site chromosomique

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L’hérédité est généralement transmise par les gènes, mais il existe des exceptions à cette règle. Les équipes de Florian Steiner et Monica Gotta se sont intéressées à l’emplacement des centromères – des sites spécifiques au niveau des chromosomes, essentiels à la division cellulaire. Elles ont découvert que chez le petit ver Caenorhabiditis elegans, la transmission de l’emplacement correct de ces sites chez les descendants n’est pas médiée par les gènes, mais par un mécanisme de mémoire épigénétique.

L’article a été publié la revue PLOS Biology, le 6 juillet 2021.

Lire le communiqué de presse de l’UNIGE et voir la vidéo d’animation produite par Reinier Prosée.

Robbie Loewith nouveau membre de l’EMBO

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Robbie Loewith, professeur du département de biologie moléculaire, a été élu nouveau membre de la prestigieuse Organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO).

Avec cette adhésion à vie à l’EMBO, Robbie rejoint un groupe d’excellence de plus de 1 800 chercheurs en sciences de la vie en Europe et dans le monde.

Félicitations Robbie !

Lire le communiqué de presse de l’EMBO

Comment l’alimentation contrôle la maturation des ARN

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Particulièrement sensibles aux modifications chimiques, les ARN messagers (ARNm) sont des molécules chargées de transmettre l’information codée de notre génome, permettant la synthèse des protéines nécessaires au fonctionnement de nos cellules. Deux équipes du Département de Biologie moléculaire, les laboratoires de Ramesh Pillai et Florian Steiner, se sont intéressées plus particulièrement à un type de modification chimique spécifique – nommée méthylation – des molécules d’ARNm chez le petit ver Caenorhabditis elegans. Elles ont découvert que la méthylation sur une séquence particulière d’un ARNm entraînait sa dégradation et que ce mécanisme de contrôle était dépendant de l’alimentation du ver.

L’article a été publié dans la revue Cell, le 29 avril 2021.

Communiqué de presse de l’UNIGE.

Simulations numériques 3D de la coloration de la peau du lézard ocellé

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The last study from the Milinkovitch’s lab uses reaction-diffusion (RD) numerical simulations in three-dimension on realistic lizard skin geometries and demonstrates that skin thickness variation on its own is sufficient to cause scale-by-scale coloration and cellular automaton dynamics during RD patterning. In addition, Anamarija Fofonjka and Michel Milinkovitch show that this phenomenon is robust to RD model variation. Finally, they show that animal growth affects the scale-colour flipping dynamics.

The article was published in the journal Nature Communications, on April 23rd 2021.

Comment la mouche sélectionne son mâle reproducteur

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Même un génome très bien caractérisé, comme celui de la drosophile ou mouche du vinaigre, réserve encore des surprises. En s’intéressant aux ARNs codant pour les protéines présentes dans le liquide séminal de la Drosophila melanogaster, des chercheurs du département de Génétique et Evolution, en collaboration avec l’Université Cornell (USA) et l’Université de Groningen (Pays-Bas), ont découvert un ARN codant pour un micro-peptide – une toute petite protéine – qui exerce un rôle crucial dans la compétition des spermatozoïdes provenant des différents mâles avec lesquels la femelle s’accouple. En plus d’apporter un nouvel éclairage sur ce mécanisme biologique, les travaux de Robert Maeda et ses collaborateurs soulignent l’importance des petits peptides, une classe de protéines qui apparaît aujourd’hui comme un acteur important dans des processus biologiques complexes.

L’article a été publié dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), le 5 avril 2021.

Communiqué de presse de l’UNIGE

Prix Europe Olympus de la meilleure image de l’année 2020 pour Grigorii Timin

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La société Olympus, fournisseur réputé de microscopes, a organisé la 2e édition du Prix mondial de l’image de l’année en microscopie optique afin de récompenser les plus belles images en sciences de la vie à travers le monde.

Grigorii Timin, doctorant dans le laboratoire du Pr. Michel Milinkovitch a remporté le prix pour la meilleure image pour la région Europe.

Le laboratoire du Pr Milinkovitch étudie le développement des écailles de la peau chez les reptiles et l’image exceptionnelle de Grigorii montre des fibres de collagène et des cellules pigmentaires dermiques dans les écailles embryonnaires du serpent africain des maisons.

Version haute résolution téléchargeable (37MB)